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# script per analizzare un campione gaussiano con rbugs
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#  G. D'Agostini, gennaio 2011
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library(rjags)

source("read.jagsdata.R")

data <- read.jagsdata("gaussian_sample.dat")
# se dovesse servire il file di inits (non in questo caso):
# inits <- read.jagsdata("file_di_inits.R") 

jm <- jags.model("gauss_Nm_sigma_pred.bug", data)

update(jm, 3000)

samples <- coda.samples(jm, c("mu","sigma","y"), n.iter=30000)

summary(samples)
plot(samples)

# 
samples.mcmc <- as.mcmc(samples)
samples.df <- as.data.frame(samples.mcmc)
cor(samples.df)
var(samples.df)

# etc...


# nota:
cor(samples)  # ERRORE!!
cor(samples[[1]])

# in effetti, si confronti
str(samples)
str(samples[[1]])   # questi ultimi due sono equivalenti
str(samples.mcmc)   # questi ultimi due sono equivalenti