Atomistic Simulations/Simulazioni Atomistiche

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Atomistic Simulations/Simulazioni Atomistiche ----- ULTIMA LEZIONE LUNEDI 10 --- COMPLETAMENTO ESERCITAZIONE NUCLEAZIONE ---
2018-2019 Monday Aula 7 (h10.00-12.00) - Wednesday Aula 2 (h9.00-11.00) - Friday Aula 7 (16-18)

P(N) da usare per US GC -


Lecture Notes (mostly Frenkel-Smith/Tuckerman)

Introduction to Monte Carlo

Introduction to Molecular Dynamics

Other ensembles : Monte Carlo

Esercitazioni GC (LJ)

Other ensembles : Molecular Dynamics

Beyond Metropolis - Bias methods

Free Energy Methods

Ewald Sum

Esercizio: Integrazione Termodinamica dal gas-ideale

Esercizio: Cambio di energia libera da LJ a SS

Esercizio: Metodo di Widom per il calcolo del potenziale chimico

Esercizio: Umbrella Sampling nel Gran Canonico

Esercizio GCUS --- P(N) da usare

Conjugate Gradient

Potential Energy Landscape

Fenomeni di Nucleazione

Fenomeni di Nucleazione - Esercizio con Ising 2D

Lectures on Nucleation (Prof. P. Poole)





Suggested Readings

The Art of Molecular Dynamics Simulation
D. C. Rapapaport
Cambridge University Press

Understanding Molecular Simulation
D. Frenkel and B. Smit
Academic Press

Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation
Mark Tuckerman Oxford Graduate Press - Oxford

Computer Simulation of Liquids
M. P. Allen and D. J. Tildesley
Clarendon Press - Oxford



Programma del corso

Descrizione: Il corso e' dedicato allo studio di sistemi a molti corpi classici tramite tecniche di simulazione numerica. Verranno illustrati i metodi alla base delle tecniche di Dinamica Molecolare e Monte Carlo per sistemi atomici e molecolari. Verranno discussi la risoluzione delle equazioni del moto con algoritmi simplettici, integratori con passi di integrazione multipli, gli algoritmi per il controllo della temperatura e pressione, per la dinamica browniana, per la trattazione dei vincoli olonomi, per la dinamica dei corpi rigidi, per la valutazioni numeriche dell' energia libera di fluidi e solidi, per lo studio dei diagrammi di fase.
Obiettivi formativi:


Lo studente apprendera' la teoria alla base delle tecniche numeriche di Dinamica Molecolare (MD) e Monte Carlo (MC) e implementare tali conoscenze, con l' obiettivo di arrivare a scrivere un proprio codice di simulazione MD e di utilizzarlo per lo studio della struttura e della dinamica del modello scelto. Alla fine del corso lo studente sara' anche in grado di utilizzare i piu' comuni programmi attualmente disponibili per lo studio di sistemi complessi (inclusi sistemi colloidali e biomolecolari) avendo sviluppato una piena conoscenza degli algoritmi e delle tecniche numeriche su cui tali programmi sono costruiti.

Lista Argomenti:


richiami di meccanica statistica classica
potenziali di interazione tipici
risoluzione delle equazioni del moto con algoritmi simplettici
integratori con passi di integrazione multipli
algoritmi per il controllo della temperatura e pressione
algoritmi per la trattazione dei vincoli olonomi
dinamica dei corpi rigidi
dinamica browniana
dinamica event-driven
modi normali istantanei e dinamica armonica
dinamica di non-equilibrio
metodi Monte Carlo
metodi per il calcolo della energia libera (integrazioni termodinamiche)
umbrellla sampling ed eventi rari
strutture inerenti