Atomistic Simulations/Simulazioni Atomistiche -----
ULTIMA LEZIONE LUNEDI 10 --- COMPLETAMENTO ESERCITAZIONE NUCLEAZIONE ---
2018-2019 Monday Aula 7 (h10.00-12.00) - Wednesday Aula 2 (h9.00-11.00) - Friday Aula 7 (16-18)
Lecture Notes (mostly Frenkel-Smith/Tuckerman)
Introduction to Molecular Dynamics
Other ensembles : Molecular Dynamics
Beyond Metropolis - Bias methods
Esercizio: Integrazione Termodinamica dal gas-ideale
Esercizio: Cambio di energia libera da LJ a SS
Esercizio: Metodo di Widom per il calcolo del potenziale chimico
Esercizio: Umbrella Sampling nel Gran Canonico
Esercizio GCUS --- P(N) da usare
Fenomeni di Nucleazione - Esercizio con Ising 2D
Lectures on Nucleation (Prof. P. Poole)
Suggested Readings
The Art of Molecular Dynamics Simulation
D. C. Rapapaport
Cambridge University Press
Understanding Molecular Simulation
D. Frenkel and B. Smit
Academic Press
Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation
Mark Tuckerman
Oxford Graduate Press - Oxford
Computer Simulation of Liquids
M. P. Allen and D. J. Tildesley
Clarendon Press - Oxford
Programma del corso
Descrizione: Il corso e' dedicato allo
studio di sistemi a molti
corpi classici tramite tecniche di simulazione numerica.
Verranno illustrati i metodi alla base delle tecniche di Dinamica Molecolare e Monte Carlo per sistemi atomici e molecolari.
Verranno discussi la risoluzione delle equazioni del moto con algoritmi simplettici, integratori con passi di integrazione multipli, gli algoritmi per il controllo della temperatura e pressione,
per la dinamica browniana,
per la trattazione dei vincoli olonomi,
per la dinamica dei corpi rigidi,
per la valutazioni numeriche dell' energia libera di fluidi e solidi,
per lo studio dei diagrammi di fase.
Obiettivi formativi:
Lo studente apprendera' la teoria alla base delle tecniche numeriche di Dinamica Molecolare (MD) e Monte Carlo (MC)
e implementare tali conoscenze, con l' obiettivo di arrivare a scrivere un proprio codice di simulazione MD e di
utilizzarlo per lo studio della
struttura e della dinamica del modello scelto.
Alla fine del corso lo studente
sara' anche in grado di utilizzare
i piu' comuni programmi attualmente
disponibili per lo studio di sistemi complessi
(inclusi sistemi colloidali e biomolecolari)
avendo sviluppato
una piena conoscenza degli algoritmi e delle tecniche numeriche
su cui tali programmi sono costruiti.
Lista Argomenti:
richiami di meccanica statistica classica
potenziali di interazione tipici
risoluzione delle equazioni del moto con algoritmi simplettici
integratori con passi di integrazione multipli
algoritmi per il controllo della temperatura e pressione
algoritmi per la trattazione dei vincoli olonomi
dinamica dei corpi rigidi
dinamica browniana
dinamica event-driven
modi normali istantanei e dinamica armonica
dinamica di non-equilibrio
metodi Monte Carlo
metodi per il calcolo della energia libera (integrazioni termodinamiche)
umbrellla sampling ed eventi rari
strutture inerenti